A implementação de uma cultura da qualidade com base em referenciais reconhecidos internacionalmente tem permitido ao instituto obter melhores resultados de desempenho, a vários níveis, que resultam do empenho coletivo dos colaboradores na prestação de um serviço público de qualidade.
Em 2006 o IGFSS viu distinguido o seu compromisso com a qualidade, através da obtenção do reconhecimento Committed to Excellence, primeiro patamar do esquema de reconhecimento da EFQM, e em 2007 alcançou a certificação do sistema de gestão da qualidade pela Norma ISO 9001, a qual mantém até hoje.
Em 2009, de forma pioneira na Administração Pública Portuguesa, o IGFSS obteve o reconhecimento Recognised for Excellence de 5 estrelas, nível máximo deste patamar de excelência da EFQM, atribuído pela Associação Portuguesa para a Qualidade (APQ).
Em 2010 o IGFSS foi também galardoado com o Prémio OCI, do Observatório de Comunicação Interna, na categoria de melhor prática em gestão da mudança.
O IGFSS foi ainda premiado com o galardão IT Future Awards 2011 por, em colaboração com a Fujitsu, ter desenvolvido e implementado uma inovadora solução de desmaterialização e captura de dados inteligente, que permitiu reduzir o esforço do trabalho manual, otimizar as tarefas de tratamento e distribuição da documentação e redução dos tempos de aprovação.
Pela segunda vez consecutiva, em 2011, o IGFSS alcançou o reconhecimento Recognised for Excellence de 5 estrelas.
Em 2014 o IGFSS recebeu na Q-Day Conference, realizada no dia 18/09/2014 sob o tema "Decidir Melhor", o Prémio Co-Inovação da Quidgest, que visa reconhecer os clientes que mais contribuem para o processo de inovação e melhoria contínua das suas soluções tecnológicas. Este prémio foi atribuído no âmbito da solução de Balanced Scorecard que o IGFSS utiliza desde 2007 e para a qual foi realizado um upgrade para portal web em 2014.